Aristóteles dijo que el hombre era un ser político (“zoon politicon”). Nada más ajustado para definir a Manrique, quien como militar, periodista o funcionario ejerció la política desde los más altos valores e ideales, siempre pensando en el bien común y en el progreso de su país. Por ello se hace difícil segmentar su trayectoria y definir cual es la etapa política. Sin embargo su candidatura a diputado nacional en 1965 por la UNIÓN DEL PUEBLO ARGENTINO (UDELPA) acompañando al Gral. Aramburu, marca el inicio de su incursión en la contienda política electoral.
Su participación en UDELPA no era casual. Manrique se identificaba plena-mente con la gestión del Gral. Aramburu, que había restablecido las libertades públicas luego de la caída del régimen peronista, y a la vez, su figura comenzaba a ser una referencia obligada para vastos sectores de la población que no querían una vuelta al pasado.
A partir de aquí, Francisco Manrique estaría siempre presente en la política. El capítulo más relevante de su carrera política empezaría el 31 de agosto de 1972 cuando, luego de renunciar a su cargo de ministro, se autopostula a presidente de la nación sin tener partido político, Manrique fue el primero y hasta ahora el único- ciudadano en la Argentina que se lanzó sin tener estructura partidaria. En pocos días recogió la adhesión de los más diversos sectores que lo proclamaban a “Paco” como su presidente. Así nació la ALIANZA POPULAR FEDERALISTA (A.P.F), fuerza política integrada por el partido Demócrata Progresista y diversos partidos conservadores, liberales y provinciales de todo el país más sectores 

independientes y juntas vecinales, que sostuvo la fórmula MANRIQUE- MARTINEZ RAYMONDA en las dos elecciones presidenciales que se llevaron a cabo en 1973.
En la primera de ellas, el 11 de marzo de 1973, la A.P.F sorprendió con la obtención de 1.775.867 votos (15 %) resultando tercera detrás de la fórmula vencedora del Justicialismo, Cámpora-Solano Lima, y de la del Radicalismo que salió segunda. Esto significó la incorporación al Congreso Nacional de 20 diputados nacionales de la Alianza.
A sólo tres meses de haber asumido, en un hecho bochornoso que no registraba antecedentes, el presidente Cámpora y su vicepresidente renuncian a sus cargos poniendo de manifiesto que habían sido una máscara para las verdaderas intenciones del peronismo que eran las de posibilitar el regreso de Perón al poder. A pesar de tan corta gestión mucho fue el daño que ocasionaron porque a ese gobierno se debe la liberación en masa el 25 de mayo de 1973, de casi 200 delin-cuentes que se hallaban detenidos en distintas cárceles del país, entre los que se hallaban varios cabecillas de la guerrilla que asolaba el país.
Nuevas elecciones fueron convocadas para el 23 de septiembre de ese año. En ellas la Alianza Popular Federalista vuelve a impulsar la fórmula MANRIQUE-MARTINEZ RAYMONDA frente al binomio PERON- Estela Martínez de PERON del Justicialismo y al binomio BALBIN-PERETTE de la UCR. Triunfa por amplio margen la formula del justicialismo obteniendo Manrique 1.445.981 votos (12 %), quien nueva-mente se ubicó en tercer lugar.

La Alianza Popular Federalista ha cumplido un ciclo histórico en torno de un gran objetivo electoral; de ahí en más era necesario trabajar en forma más organizada, sin las fallas estructurales que caracterizaron las urgencias de las elecciones. Era la hora del gran partido que hiciera sentir la opinión de más de un millón de personas que lo habían votado.
Pensada la euforia de los primeros momentos el gobierno del Gral. Perón comienza a exhibir inquietantes debilida-des e incoherencias y a ser acosado por los rebrotes de violencia subversiva, que ahora le resulta imposible explicar con su conocida frase de que “la violencia de arriba engendra la violencia de abajo”. Lo que había sido bueno para sus fines pre-electorales ya no lo era en su condición de gobernante y había llegado al poder con mucha edad y acompañado de dema-siados compromisos…
Finalmente, en julio de 1974, Perón muere sin dejar al pueblo del que tanto habló una conducción mínima indispen-sable. Lo sucede en el cargo su mujer, Isabel Martínez de Perón. En agosto de ese año, en una visita a las provincias de Chubut y Santa Cruz Manrique advertía: -“Estamos asistiendo a una criminal escalada de violencia que avergüenza a todo ser humano civilizado, y esta escalada se hace ante una sociedad que se siente impotente, aplastada e indefensa… Rescatemos a nuestra juventud de manos de los activistas. Los activistas se han convertido en dueños de la acción, en una suma de confusión dialéctica, quemante oratoria y gimnasia revolucionaria. La única salida es dar contenido humano y activo a nuestra dormida democracia”.